Zwar lassen sich auf dem Apple IIGS sowohl das Apple DOS 3.3 und das später eingeführte ProDOS in seiner 8-Bitvariante nutzen, doch liegen dann alle IIGS-spezifischen Möglichkeiten weitgehend brach. Erste IIGS Modelle wurden mit einer erweiterten 16-Bit ProDOS Variante ausgeliefert, bekannt als ProDOS-16. Die ersten Versionen stellten reine Textkonsolen bereit und wurden nur durch grafische Shells aufgepeppt.

Dies sollte erst im September 1988 entscheidend verbessern, als Apple das neue Betriebssystem GS/OS (schon als Version 4.0) vorstellte. Viele der in ProDOS und dem Apple III Betriebssystem SOS vorhandenen Techniken waren in diese Neuentwicklung eingeflossen. Und: GS/OS brachte eine grafische Oberfläche mit, den Finder. Die Namensgleichheit zum Macintosh Betriebssystem kommt nicht von ungefähr, denn obwohl der Finder des GS/OS eine eigenständige Entwicklung darstellt, sind viele der vom Mac bekannten GUI Elemente auch in der GS/OS Variante vorhanden. GS/OS ist ein vergleichsweise modernes System, es kennt Treiber für Geräte, ein abstraktes Dateisystem mit verschiedenen „file system translators“ (FST) zum Zugriff auf unterschiedliche Dateisysteme und ein zentrales Drucksystem mit Treibern für unterschiedliche Drucker. Nicht nur die eingebauten Schnittstellen und Standardgeräte werden unterstützt, auch SCSI Schnittstellen und MIDI Ports lassen sich ansprechen. GS/OS ist zudem netzwerkfähig, denn es unterstützt AppleTalk über die vorhandene RS-422 Schnittstelle und bringt den IIGS in serielle Macintosh-Netze. Dieser Funktionsumfang fordert seinen Tribut bei den Systemressourcen- mindestens 512 kB und eine überarbeitete Firmware (ROM01) ist Einsatzvoraussetzung.

Als 1989 die verbesserte Version 5.0.2 auf den Markt kam, hatten auch neue, vom Macintosh entliehene Techniken wie Desktop-Accessoires und verbesserte SCSI Unterstützung Einzug gehalten. Die letzte veröffentlichte Version 6.0.1 erschien dann 1993. Sie kann mit Standarddialogen für viele GUI Aktionen, verbesserten Treibern, einem überarbeiteten Finder und deutlich erhöhter Geschwindigkeit aufwarten. Es werden nun auch PostScript Drucker unterstützt. GS/OS 6.0.1 fühlt sich auch heute noch „modern“ an- das „look & feel“ entspricht dem des Macintosh System 7. Umsonst ist dieser Komfort nicht- mindestens 1,25 MB RAM sind Bedingung, also mindestens eine 1 MB Speichererweiterung im Memory Slot. GS/OS 6.0.1 ist heute kostenfrei von Apple verfügbar und kann in Form von Diskimages heruntergeladen werden (siehe ).

GS/OS 6.0.1 sollte ursprünglich eine Ethernet-Unterstützung bieten, doch fehlte diese in der veröffentlichten Version. Auch die Apple Ethernetkarte ist niemals erschienen. Dennoch muss niemand heute auf Ethernet im Apple IIGS verzichten. Mit der Uthernetkarte steht ein Ethernet-Interface mit RJ-45 Anschluss bereit. Einen Nutzen daraus zieht man jedoch erst mit Einsatz von Marinetti (), einem IP- und TCP/UDP Protokollstack für GS/OS ab Version 5, deren aktuelle Version 3.0 b3 im Juli 2006 erschien. Es funktioniert mit einem seriellen Kabel (Nullmodemkabel) und kann per PPP Protokoll einen entsprechenden Server auf einem PC z.B. unter Linux ansprechen. Für Marinetti aber auch ein Link Layer Treiber bereit, der die Uthernetkarte unterstützt. Dies bringt den Apple IIGS deutlich performanter an ein IP-Netz und das Internet. Sinnvoll ist das besonders für Datentransfer mittels FTP und die Nutzung von Druckern. SAFE2 ist ein brauchbarer FTP GUI-Client, Treehugger () ermöglicht es, HP JetDirect Druckerserver anzusprechen. Vorsichtige Gehversuche in das World Wide Web ermöglicht Arachnid, jedoch ist dieses Projekt nicht über die Version hinausgekommen. Jenseits einfachster HTML Seiten ist ein Absturz der Software sehr wahrscheinlich.